Siły Powietrzne, podobnie jak inne organizacje, mają swoją strukturę.
Za dowodzenie i kierowanie Siłami Powietrznymi odpowiada Dowództwo Sił Powietrznych, którego siedziba znajduje się w Warszawie.
W jego strukturze organizacyjnej znajdują się dwa główne piony funkcjonowania: sztab i pion szkolenia. Sztab zajmuje się m.in. planowaniem, problematyką rozpoznawania i walki elektronicznej, dowodzeniem i łącznością, a także polityką kadrową. Natomiast pion szkolenia odpowiada m.in. za organizację i metodyczne przygotowanie procesu szkolenia bojowego o ogólnowojskowego, szkolenia lotnicze i taktyczno-bojowe żołnierzy sił powietrznych. Jest on także odpowiedzialny za realizacją całokształtu przedsięwzięć obrony przeciwlotniczej a także współuczestniczy w organizacji jednolitego systemu obrony powietrznej RP.
W skład jego wchodzą trzy szefostwa rodzajów wojsk: Wojsk Lotniczych, Wojsk Obrony Przeciwlotniczej i Wojsk Radiotechnicznych.
Struktura organizacyjna Sił Powietrznych obejmuje: Dowództwo Sił Powietrznych Centrum Operacji Powietrznych z podległymi ośrodkami dowodzenia i naprowadzania oraz centrami koordynacji operacji powietrznych, dwie brygady lotnictwa taktycznego, brygadę lotnictwa transportowego, trzy brygady rakietowe Obrony Powietrznej i pułk rakietowy Obrony Powietrznej, dwie brygady radiotechniczne oraz jednostki zabezpieczenia i szkolne.
Szkoleniem kadr specjalności lotniczej, radiolokacyjnej oraz obrony przeciwlotniczej dla wszystkich Rodzajów Sił Zbrojnych, odbywa się w Siłach Powietrznych, w Wyższej Szkole Oficerskiej Sił Powietrznych w Dęblinie, w miejscu gdzie znajduje się także Baza lotnicza, a także w dwóch szkołach podoficerskich także w Dęblinie i w Koszalinie, oraz w Centrum Szkolenia Sił Powietrznych. Dodatkowo w Dęblinie znajduje się jeszcze Ogólnokształcące Liceum Lotnicze.
W skład dowództwa Sił Powietrznych, wchodzą: dowódca, szef Sztabu, który jest jednocześnie zastępcą dowódcy oraz szef Logistyki.